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科研服务

动植物基因组de novo测序

基因组从头测序(de novo sequencing),主要针对基因组序列未知或参考基因组组装不理想的物种,构建不同类型的基因组DNA文库,并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对序列进行拼接、组装和注释,从而绘制该物种完整的基因组序列信息。简单基因组:重复序列低于50%,且二倍体杂合度低于0.5%的物种。


复杂基因组:重复序列高于50%,或二倍体杂合度高于0.5%,或其他多倍体物种。


产品参数


测序方案

测序策略

交付指标

项目周期

简单基因组

纯三代

文库:20Kb 三代(80X)+10XGenomics/Bionano/ Hi-C

Contig N50≥ 1Mb

4-6个月

3+2混合拼接

三代(40X)+二代(PE,   100X)

Contig N50≥ 500Kb

复杂基因组

纯三代

文库:20Kb 三代(100X)+10XGenomics/Bionano/ Hi-C

视物种而定

6-12个月

3+2混合拼接

三代(40X)+二代(PE,   100X)

Contig N50≥ 200Kb

哺乳动物和鸟类

纯三代

文库:20Kb 三代(80X)

Contig N50≥ 3Mb

3个月

3+2混合拼接

三代(40X)+二代(PE,   100X)

Contig N50≥ 1Mb